Το μάθημα των Θρησκευτικών είναι υποχρεωτικό για όλους τους μαθητές (άρ.16, παρ.2 του Συντάγματος) και διδάσκεται στις σχολικές μονάδες Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης, σύμφωνα με τα επίσημα υποχρεωτικά αναλυτικά και ωρολόγια προγράμματα, ακολουθεί τους γενικούς σκοπούς της εκπαίδευσης και απευθύνεται σε όλους τους μαθητές. Ωστόσο, παρέχεται η δυνατότητα σε μη Χριστιανούς Ορθόδοξους μαθητές, δηλαδή αλλόθρησκους ή ετερόδοξους ή άθρησκους, που επικαλούνται λόγους θρησκευτικής συνείδησης, να απαλλαγούν από την παρακολούθησή του. Συνεπώς, η απαλλαγή από το μάθημα των Θρησκευτικών παρέχεται νόμιμα, αποκλειστικά και μόνο για την προάσπιση της ελευθερίας της θρησκευτικής συνείδησης, όπως προβλέπεται από το Σύνταγμα και περιγράφεται στους οικείους νόμους και στις αποφάσεις των διεθνών και ελληνικών δικαστηρίων.
Επειδή, έχουν παρατηρηθεί φαινόμενα κατάχρησης του δικαιώματος απαλλαγής από τα Θρησκευτικά για λόγους που δεν συνδέονται με την ελευθερία της θρησκευτικής συνείδησης, απαιτείται η τεκμηρίωση των προβαλλόμενων λόγων, επισημαίνεται σε κάθε ενδιαφερόμενο η σοβαρότητα των σχετικών Υπεύθυνων Δηλώσεων και κατόπιν ακολουθεί η χορήγηση νόμιμης απαλλαγής του μαθητή, πάντοτε εντός των προβλεπόμενων χρονικών ορίων.. Η απαλλαγή από το μάθημα των Θρησκευτικών χορηγείται ύστερα από Υπεύθυνη Δήλωση του ν.1599/1986 και των δύο γονέων του στην οποία θα αναφέρεται ότι ο μαθητής δεν είναι Χριστιανός Ορθόδοξος και εξ αυτού επικαλείται λόγους θρησκευτικής συνείδησης, χωρίς να είναι υποχρεωτική η αναφορά του θρησκεύματος στο οποίο ανήκει, εκτός αν το επιθυμεί. Μόνον στην περίπτωση που η γονική μέριμνα ασκείται από τον ένα γονέα, αρκεί η υπογραφή του ασκούντος τη γονική μέριμνα. Εφόσον χορηγηθεί απαλλαγή από το μάθημα των Θρησκευτικών για τους ανωτέρω λόγους, στο πεδίο «ΘΡΗΣΚΕΥΜΑ» του Ατομικού Δελτίου μαθητή και του Απολυτήριου Τίτλου, δε θα συμπληρώνεται ένδειξη που να είναι αντίθετη με το περιεχόμενο της Υπεύθυνης Δήλωσης που υποβλήθηκε για τη χορήγηση της απαλλαγής, για το οποίο θα ενημερώνεται και ενυπόγραφα ο/οι υποβάλλων/οντες την Υπεύθυνη Δήλωση. Η παραπάνω Υπεύθυνη Δήλωση του ν.1599/1986, με βεβαιωμένο το γνήσιο της υπογραφής και των δύο γονέων του μαθητή, παραλαμβάνεται από το Διευθυντή του σχολείου εντός αποκλειστικής χρονικής προθεσμίας που διαρκεί από την 1η Σεπτεμβρίου έως και την 20η Σεπτεμβρίου κάθε έτους.
Η προσυπογραφή της Υπεύθυνης Δήλωσης από τον διδάσκοντα είναι απαραίτητη, ώστε να ενημερώνεται για τους μαθητές που θα έχει στην τάξη του στις ώρες του μαθήματος των Θρησκευτικών. Οι μαθητές που απαλλάσσονται από το μάθημα των Θρησκευτικών δεν έχουν δικαίωμα παραμονής στην τάξη τους κατά τη διάρκεια διεξαγωγής του μαθήματος των Θρησκευτικών και δεν πρέπει σε καμία περίπτωση να περιφέρονται εντός ή εκτός του σχολείου ή να απουσιάζουν (αδικαιολόγητα). Ο Διευθυντής σε συνεργασία με το Σύλλογο των Διδασκόντων, αποφασίζουν κατά περίπτωση για τον τρόπο που απασχολούνται υποχρεωτικά οι απαλλασσόμενοι μαθητές, συντάσσοντας σχετική πράξη (διαφορετικό διδακτικό αντικείμενο σε άλλο τμήμα της ίδιας τάξης, ευέλικτη ζώνη, βιωματικές δράσεις, ερευνητική εργασία κ.α.). Σε περίπτωση που η συγκεκριμένη τάξη λειτουργεί μόνο με ένα τμήμα, οι μαθητές αυτοί παρακολουθούν εκπαιδευτικό πρόγραμμα που καθορίζεται από το Σύλλογο Διδασκόντων. Η ισχύς της χορήγησης απαλλαγής είναι ετήσια και ανανεώνεται για κάθε σχολικό έτος με την ίδια διαδικασία.